Per cause anatomiche invece, si intendono tutte quelle situazioni per cui la gravidanza extrauterina è dovuta a malformazioni della struttura dell'apparato genitale, in particolare a problemi alle tube o alle ovaie. La maggior parte delle gravidanze ectopiche è dipesa dalle salpingiti e dalle infiammazioni tubariche che impediscono il passaggio dello zigote all'utero. Anche fibromi uterini, interruzioni di gravidanza, spirale contraccettiva e infiammazioni batteriche delle parti intime sono tra le cause anatomiche principali di una gravidanza extrauterina.

In ultimo, le cause embrionali vanno associate a donne che si sono sottoposte a interventi di fecondazione assistita, perchè, in queste situazioni, può capitare che avvenga un'ovulazione tardiva dell'ovocita postmaturo, oppure al contrario un'ovulazione anticipata quando l'ovocita non è ancora formato, e ciò porterebbe l'ovulo ad impiantarsi nel posto sbagliato.

Ovviamente, non è possibile portare a termine una gravidanza di questo tipo, per cui in questi casi è necessario intervenire il prima possibile, o chirurgicamente o farmocologicamente.